Am Anfang der Musik-Akademie stand die Gründung der Allgemeinen Musikschule am 8. Februar 1867 auf Initiative von Johann Jakob Schäublin [1822-1901] und der Gesellschaft für das Gute und Gemeinnützige [GGG]. Erster Direktor war Selmar Bagge in den Jahren 1868 bis 1896, danach der Komponist Hans Huber von 1896 bis 1918. Hans Huber richtete 1905 das Konservatorium [heute Hochschule der Musik] ein, das erste seiner Art in der deutschsprachigen Schweiz.
1954 wurde die Schola Cantorum Basiliensis, 1933 durch Paul Sacher gegründet, mit der Allgemeinen Musikschule und der Hochschule für Musik vereinigt. Alle drei Institute zusammen bilden seither die Musik-Akademie der Stadt Basel.
Seit dem 1. Oktober 1999 besitzt die Hochschule für Musik den Status einer Fachhochschule, ebenso die Berufsabteilung der Schola Cantorum Basiliensis, die nun im Untertitel die Bezeichnung 'Hochschule für Alte Musik' trägt. Ebenfalls seit Oktober 1999 ist die Berufsabteilung der Jazzschule Basel in die Hochschule für Musik integriert worden.
Seit Mai 2001 werden die Musikalischen Grundkurse als viertes Institut geführt.
