• die Gesellschaft für das Gute und Gemeinnützige (GGG) als Stifterin der Musik Akademie Basel,

• der Kanton Basel-Stadt und die Gemeinde Riehen als Subventionsgeber für die Allgemeinen Schulen der MAB, einschliesslich der Musikschule Riehen und den Musikalischen Grundkursen,

• seit 2008 die FHNW, mit ihren vier Trägerkantonen Aargau, Basel-Landschaft, Basel-Stadt und Solothurn für den gesamten Hochschulbereich.

Oberstes Organ der MAB ist der Akademierat, der zugleich als
Stiftungsrat fungiert.

Die einzelnen Schulen der MAB bilden dezentrale, eigenständige Kompetenz- und Leistungseinheiten; sie geniessen einen hohen Grad an Autonomie im Rahmen der ihnen zugewiesenen Zuständigkeiten. Die Schulen pflegen eine enge Zusammenarbeit, um gemeinsame Chancen und Synergien zu nutzen und die MAB als Einheit zu stärken.

Die Rektorenkonferenz, gebildet aus  dem Rektor der Musik Akademie Basel, den Rektoren der Schulen, sowie dem Verwaltungsdirektor, gewährleistet die Koordination und den Informationsaustausch und befasst sich mit bereichsübergreifenden Belangen und Aufgaben.

Der Rektor der MAB vertritt die Musik Akademie Basel nach aussen, sowie die Hochschulen als Delegierter in der Direktion der Fachhochschule Nordwestschweiz.

Die Rektoren und Leiter der vier Teilschulen arbeiten eigenverantwortlich mit einem Leistungsauftrag des Akademierates und einem Globalbudget. Es gilt das Subsidiaritätsprinzip, das im Rahmen der Vorgaben optimale Entscheidungsfreiheit, Verantwortlichkeit und eigenes Profil sichert.