Der Dalcroze-Schüler Gustav Güldenstein war von 1921 bis zu seiner Pensionierung 1953 am Konservatorium Lehrer für Rhythmik, Solfège, Harmonielehre und Improvisation.
Der Pianist und Musikpädagoge Willy Rehberg war 1921 bis 1926 Direktor von Musikschule und Konservatorium, wo er Klavier und Kammermusik unterrichtete.
Der Komponist und Musikpädagoge Walter Müller von Kulm leitete von 1947 bis 1964 Musikschule und Konservatorium, ab 1954 in Doppeldirektion mit Paul Sacher.
Der Pianist und Musikpädagoge Klaus Linder unterrichtete Klavier, leitete ab 1964 das Konservatorium und war 1969 bis 1974 Direktor der Musik-Akademie.
Der Komponist und Dirigent Pierre Boulez leitete 1960 bis 1963 Meisterklassen für Komposition und gab Interpretations- und Dirigierkurse an der Basler Musik-Akademie.
Der Oboist, Komponist und Dirigent Heinz Holliger studierte von 1961 bis 1963 Komposition an der Musik-Akademie und war 2003/04 Gastprofessor an der Basler Hochschule für Musik.
Der Komponist Thomas Kessler unterrichtete von 1973 bis 2000 Komposition und Musiktheorie und baute an der Musik-Akademie das Elektronische Studio auf.
Der Flötist Hans-Martin Linde unterrichtete seit 1957 Flöte an der Schola Cantorum, leitete mehrere Ensembles und stand von 1976 bis 1979 dem Konservatorium vor.
Der Flötist und Musikwissenschaftler Peter Reidemeister leitete von 1978 bis 2005 die Schola Cantorum und weitete das Spektrum in Lehre und Forschung aus.
Als Primarius des LaSalle-Quartetts gab Walter Levin Meisterkurse an der Musik-Akademie und leitete Kammermusik-Kurse an der Basler Hochschule für Musik.
Der österreichische Cellist Heinrich Schiff unterrichtete von 1979 bis 1990 eine Meisterklasse für Violoncello am Konservatorium der Musik-Akademie Basel.
Der Musikwissenschaftler und Ökonom André Baltensperger leitete von 2001 bis 2012 als Rektor die Musik-Akademie Basel und war von 2005 bis 2012 in einem Doppelmandat zusätzlich als Delegierter der Musikhochschulen Mitglied der Direktion der FHNW.
Der Gitarrist Stephan Schmidt leitete 2002-2012 als Rektor die Hochschule für Musik; seither ist er Direktor der Musik-Akademie Basel / Hochschule für Musik FHNW.
Heinz Füglistaler war von 1986 bis 2015 Leiter der Musikalischen Grundkurse. Von 2015 bis 2021 war er Leiter des Instituts Weiterbildung der Musik-Akademie Basel.
Der Gitarrist Bernhard Ley leitet seit September 2018 das neu gegründete Institut Jazz, das zusammen mit den Instituten Klassik (vormals Hochschule für Musik) und Schola Cantorum Basiliensis die Hochschule für Musik FHNW bildet (zuvor Musikhochschulen FHNW).